Le président du conseil est élu au scrutin secret et à la majorité des votants par et parmi les membres représentant les personnes accueillies ou en cas d'impossibilité ou d'empêchement, par et parmi les familles ou les représentants légaux. En cas de partage égal des voix, le candidat le plus âgé est déclaré élu.

Le président suppléant est élu selon les mêmes modalités parmi les membres représentant soit les personnes accueillies, soit les familles ou les titulaires de l'exercice de l'autorité parentale ou les représentants légaux.

Le directeur ou son représentant siège avec voix consultative.

Toutefois, dans les établissements ou services prenant en charge habituellement les mineurs faisant l'objet de mesures éducatives ordonnées par l'autorité judiciaire en application des dispositions législatives relatives à l'enfance délinquante ou à l'assistance éducative, le directeur ou son représentant siège en tant que président avec voix délibérative.