Le conseil d'administration constitue en son sein des commissions appelées à préparer ses délibérations sous l'autorité du président. Leurs composition, attributions et règles de fonctionnement sont précisées par le règlement intérieur.

Les projets relatifs aux orientations de la politique de l'office mentionnées au 3° de l'article R. 213-12-4, au programme pluriannuel d'activité et d'intervention mentionné au 4° du même article et au rapport annuel mentionné au 13° du même article sont soumis pour avis au Comité national de l'eau avant d'être présentés au conseil d'administration. Toutefois, le programme national de réduction des pesticides, dont le compte rendu de réalisation annuel est présenté au Conseil national de l'eau en application de l'article L. 213-4-1, ne lui est pas soumis pour avis préalable.