La comptabilité budgétaire de l'agence retrace :

1° Les crédits ouverts et les limites assignées aux engagements ;

2° Les engagements juridiques pris par l'ordonnateur sous sa propre responsabilité, ou, le cas échéant, en ce qui concerne la partie II du budget, les engagements pris au profit des bénéficiaires des transferts par les mandants de l'agence, sous leur seule responsabilité, dans ce dernier cas, en cas de carence de la part des mandants dans la notification des engagements pris, l'ordonnateur enregistre par défaut un montant d'engagements correspondant aux dépenses mandatées ;

3° Les mandatements de l'ordonnateur ;

4° La comptabilisation, jusqu'à leur solde, des engagements enregistrés selon les dispositions précédentes.

La comptabilité budgétaire de l'agence doit permettre le respect des enveloppes de crédits et des limites assignées aux engagements, compte tenu de la mise en œuvre de la fongibilité dans les conditions définies par les mandants.

Le système d'information de l'agence doit garantir la traçabilité de tous les engagements notifiés par les mandants jusqu'au bénéficiaire final, notamment celle des autorisations d'engagement ouvertes au budget de l'Etat et notifiées à l'Agence par l'Etat.