Le conseil d'administration de l'agence est présidé par le président-directeur général de l'établissement. Il comprend, outre son président :

1° Douze membres représentant l'Etat :

a) Le directeur général des politiques agricole, agroalimentaire et des territoires ou son représentant ;

b) Le directeur des affaires financières, sociales et logistiques au ministère chargé de l'agriculture, ou son représentant ;

c) Le directeur des pêches maritimes et de l'aquaculture ou son représentant ;

d) Le directeur général de la cohésion sociale ou son représentant ;

e) Le directeur de la direction de l'animation et de la recherche, des études et des statistiques ou son représentant ;

f) Le délégué général à l'emploi et à la formation professionnelle ou son représentant ;

g) Le délégué interministériel à l'aménagement du territoire et à l'attractivité régionale ou son représentant ;

h) Le directeur général de l'aménagement, du logement et de la nature, ou son représentant ;

i) Le directeur du budget ou son représentant ;

j) Le directeur général des finances publiques ou son représentant ;

k) Le directeur général des collectivités locales ou son représentant ;

l) Le délégué général à l'outre-mer ou son représentant.

2° Neuf représentants d'établissements publics et organisations professionnelles partenaires :

a) Le président de l'assemblée permanente des chambres d'agriculture ou son représentant ;

b) Le président du Comité national des pêches maritimes et des élevages marins ou son représentant ;

c) Le président de l'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la pêche (FranceAgriMer) ou son représentant ;

d) Le président de l'Office de développement de l'économie agricole d'outre-mer ou son représentant ;

e) Cinq personnalités choisies parmi les personnes proposées par les organisations syndicales d'exploitants agricoles représentatives mentionnées à l'article 3 du décret n° 90-187 du 28 février 1990, nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.