Le compte financier est préparé par l'agent comptable suivant les dispositions du plan comptable et conformément aux directives de l'ordonnateur. Il retrace l'ensemble des opérations, tant nationales qu'européennes, enregistrées dans la comptabilité de l'agence.

Il est arrêté par l'organe délibérant et est présenté pour approbation aux ministres chargés de l'agriculture, de l'emploi et du budget avant le 31 mars suivant la fin de l'exercice pour approbation, dans les conditions prévues par le décret n° 99-575 du 8 juillet 1999 relatif aux modalités d'approbation de certaines décisions financières des établissements publics de l'Etat.