L'agent comptable de la Caisse nationale de solidarité pour l'autonomie est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés du budget, de l'action sociale et de la sécurité sociale. Il est placé sous l'autorité administrative du directeur.

Sous réserve des dispositions de l'article R. 14-10-48, les opérations financières de l'établissement sont effectuées conformément aux dispositions du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 modifié relatif à la réglementation applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique. Elles sont soumises au contrôle financier de l'Etat conformément à la réglementation applicable aux établissements publics de l'Etat à caractère administratif. Toutefois, le compte financier est établi par l'agent comptable, arrêté par le directeur et approuvé lors de la même séance du conseil d'administration que celle qui approuve les comptes annuels.