Le Centre d'études et de recherches sur les qualifications est soumis au régime financier et comptable défini par les articles 14 à 25 des décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux et par les articles 151 à 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général de la comptabilité publique.

Conformément au décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat, le centre est soumis au contrôle financier dans les conditions prévues par le décret n° 2005-54 du 27 janvier 2005 relatif au contrôle financier au sein des administrations de l'Etat.

Un membre du corps du contrôle général économique et financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget, assure le contrôle financier de l'établissement. Ses attributions sont définies par arrêté du ministre chargé du budget, du ministre chargé de l'éducation et du ministre chargé de l'emploi.