Les recettes du Fonds national de la gestion administrative sont constituées par la fraction du produit des cotisations de l'assurance maladie, ainsi que de celle des cotisations de l'assurance des accidents du travail et des maladies professionnelles, qui lui sont affectées par l'arrêté pris en application de l'article L. 251-1.

Ce fonds supporte les charges de fonctionnement et les dépenses en capital des services administratifs de la caisse nationale. Les dépenses comportent également les dotations, et éventuellement les subventions et avances destinées à couvrir les charges de fonctionnement et les dépenses en capital des services administratifs des caisses primaires et des caisses régionales d'assurance maladie.

Ce fonds supporte en outre les remises de gestion versées par la caisse nationale aux organismes mutualistes mentionnés aux articles L. 712-6 et L. 712-8 qui assurent aux fonctionnaires le service des prestations en nature des assurances maladie, maternité, invalidité.

Il supporte également les remises de gestion versées par la caisse nationale aux organismes mutualistes mentionnés à l'article L. 381-9 qui assurent aux étudiants le service des prestations énumérées à l'article L. 381-7.