Le fonctionnement comptable du port autonome est assuré dans les conditions prévues pour les établissements publics à caractère industriel et commercial dotés d'un agent comptable, par les articles 190 à 225 du décret du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.

Il est élaboré un plan comptable commun, applicable à l'ensemble des ports autonomes.

Ce plan comptable détermine notamment :

-les règles applicables en matière d'évaluation et de réévaluation des immobilisations ;

-la nature des immobilisations amortissables qui devront être individualisées au bilan ;

-les règles de calcul des amortissements et des provisions ;

-les méthodes d'évaluation des stocks ;

-les normes d'élaboration de la comptabilité analytique d'exploitation, de manière à assurer la connaissance de prix de revient établis sur les bases homogènes.

Le plan comptable est approuvé par arrêté conjoint du ministre chargé des ports maritimes et du ministre de l'économie et des finances, après avis de l'Autorité des normes comptables.