L'établissement est administré par un conseil qui comprend, outre des représentants de l'Etat et des personnalités qualifiées, deux parlementaires élus de l'Assemblée nationale et deux parlementaires élus du Sénat. La durée du mandat des administrateurs est de trois ans renouvelable. Toutefois, le mandat des membres désignés en qualité de parlementaire ou de représentant des collectivités territoriales prend fin s'ils perdent avant l'expiration de cette durée la qualité au titre de laquelle ils ont été désignés. Les fonctions de président et d'administrateur ne sont pas rémunérées. Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président qui en fixe l'ordre du jour. Les délibérations sont prises à la majorité simple des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante. Le membre du corps du contrôle général économique et financier et l'agent comptable assistent, avec voix consultative, aux délibérations du conseil d'administration.