Le grand port maritime est dirigé par un directoire, sous le contrôle d'un conseil de surveillance.

Le conseil de surveillance est composé de : 1° Cinq représentants de l'Etat ; 2° Quatre représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements dont au moins un représentant de la région et un représentant du département ; 3° Trois représentants du personnel de l'établissement public, dont un représentant des cadres et assimilés ; 4° Cinq personnalités qualifiées nommées par l'autorité compétente de l'Etat, dont un représentant élu de chambre consulaire et un représentant du monde économique. Le conseil de surveillance élit son président. La voix du président est prépondérante en cas de partage égal des voix.

Le conseil de surveillance arrête les orientations stratégiques de l'établissement et exerce le contrôle permanent de sa gestion. Un décret en Conseil d'Etat précise les opérations dont la conclusion est soumise à l'autorisation préalable du conseil de surveillance.A tout moment, le conseil de surveillance opère les vérifications et les contrôles qu'il juge opportuns et peut se faire communiquer les documents qu'il estime nécessaires à l'accomplissement de sa mission. Une fois par trimestre au moins, le directoire présente un rapport au conseil de surveillance. Après la clôture de chaque exercice et dans un délai de six mois, le directoire lui présente, aux fins de vérification et de contrôle, les comptes annuels avant leur certification par au moins un commissaire aux comptes et, le cas échéant, les comptes consolidés accompagnés du rapport de gestion y afférent. Le président du conseil de surveillance invite le président du conseil de développement à présenter les propositions de celui-ci. Le conseil de surveillance délibère sur le projet stratégique du port mentionné à l'article L. 5312-13.

Le nombre de membres du directoire est déterminé pour chaque grand port maritime par décret. Le président du directoire est nommé par décret après avis conforme du conseil de surveillance. Les autres membres du directoire sont nommés par le conseil de surveillance sur proposition du président du directoire. La durée du mandat des membres du directoire est fixée par voie réglementaire.

Le directoire assure la direction de l'établissement et est responsable de sa gestion. A cet effet, il est investi des pouvoirs les plus étendus pour agir en toute circonstance au nom du grand port maritime. Il les exerce dans la limite des missions définies à la section 1 et sous réserve de ceux qui sont attribués au conseil de surveillance.

Dans chaque grand port maritime, les milieux professionnels, sociaux et associatifs ainsi que les collectivités territoriales et leurs groupements sont représentés dans un conseil de développement qui est consulté sur le projet stratégique et la politique tarifaire du grand port maritime. Il peut émettre des propositions et demander que des questions soient inscrites à l'ordre du jour d'une réunion du conseil de surveillance.

Pour assurer la cohérence des actions de grands ports maritimes et, le cas échéant, de ports autonomes fluviaux, s'inscrivant dans un même ensemble géographique ou situés sur un même axe fluvial, un conseil de coordination interportuaire associant des représentants de l'Etat, des collectivités territoriales et de leurs groupements, des ports concernés ainsi que des personnalités qualifiées et des représentants des établissements gestionnaires d'infrastructures terrestres ou de l'établissement public chargé de la gestion des voies navigables peut être créé par décret. Ce conseil adopte un document de coordination relatif aux grandes orientations en matière de développement, de projets d'investissement et de promotion des ports qui y sont représentés. Ce document peut proposer des modalités de mutualisation de leurs moyens. Les collectivités territoriales ou leurs groupements responsables de la gestion d'un port maritime faisant partie d'un ensemble géographique pour lequel a été mis en place un conseil de coordination peuvent, à leur demande, être associés à ses travaux. La composition du conseil de coordination interportuaire, les modalités de désignation de ses membres, ses règles de fonctionnement et les conditions d'élaboration du document de coordination sont déterminés par décret.