L'établissement est sous la tutelle du ministre chargé des forêts.

Les activités du Centre national de la propriété forestière s'inscrivent dans un contrat de performance passé entre l'Etat et l'établissement public. Ce contrat précise les orientations de gestion et les programmes d'actions du Centre national de la propriété forestière. Il détermine les objectifs liés à l'exercice de ses missions et évalue les moyens nécessaires à leur mise en œuvre.

Sauf décision contraire du ministre chargé des forêts, prise sur proposition du conseil d'administration, le siège du centre est fixé à Paris.