La conférence est présidée par un délégué à la coopération régionale dans la zone Antilles-Guyane, nommé par décret. Elle est composée des membres des comités de gestion des fonds de coopération régionale de la Guadeloupe, de la Guyane et de la Martinique.

Le trésorier-payeur général de la Guadeloupe ou son représentant assiste aux réunions de la conférence. Celle-ci peut en outre entendre toute personne dont l'audition est jugée utile par le président.