Un conseil scientifique assiste le président du conseil d'administration et le directeur de l'établissement dans l'accomplissement des missions confiées à l'établissement. Il est notamment consulté sur les programmes d'études et de recherche que conduit ou coordonne l'établissement ou auquel il participe. Il peut également faire toute recommandation.

Le conseil scientifique est composé de deux collèges :

- le collège des présidents des conseils scientifiques des établissements publics des parcs nationaux ;

- un collège de dix personnalités choisies en raison de leurs compétences dans les domaines relevant des missions de l'établissement, nommées par arrêté du ministre chargé de la protection de la nature.

Il élit en son sein un président et un vice-président.

Les membres du conseil scientifique exercent leurs fonctions à titre gratuit. Ils bénéficient du remboursement des frais de déplacement et de séjour supportés par eux dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils de l'Etat.

Le président du conseil scientifique présente un rapport d'activité annuel au conseil d'administration.

Le secrétariat du conseil scientifique est assuré par le directeur de l'établissement.