Le conseil scientifique est composé de dix personnalités nommées par arrêté du ministre de tutelle en raison de leurs compétences dans les domaines de la protection, de la restauration ou de la gestion durable du patrimoine naturel marin.

Il élit en son sein un président.

Le président et les membres du conseil scientifique exercent leurs fonctions à titre gratuit. Ils bénéficient du remboursement des frais de déplacement et de séjour supportés par eux dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils de l'Etat.