La commission consultative des marchés instituée auprès de l'agence est chargée de formuler un avis préalablement à la passation des contrats et marchés de toute nature ayant pour objet la fourniture à l'agence de produits, de services ou de travaux. Un arrêté conjoint des ministres de tutelle et des ministres chargés de l'économie et du budget précise la composition de cette commission. Il indique les seuils des montants à partir desquels les projets de contrats et marchés lui sont transmis pour avis.

En application du IV de l'article 4 de la loi n° 85-704 du 12 juillet 1985 relative à la maîtrise d'ouvrage publique et à ses rapports avec la maîtrise d'œuvre privée, l'agence applique ses règles de passation et d'exécution des contrats lorsqu'elle intervient en tant que mandataire d'un maître de l'ouvrage public pour la mission d'intérêt général qui lui est confiée au 6° de l'article L. 542-12.