Le conseil d'administration comprend des représentants de l'Etat, dont l'administrateur général, des personnalités désignées en raison de leur compétence et des représentants du personnel élus dans les conditions prévues par le chapitre II du titre II de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983 relative à la démocratisation du secteur public.

La direction générale du Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives est assurée par l'administrateur général nommé par décret en conseil des ministres.