Le fonds de garantie est soumis au contrôle du ministre chargé des assurances qui nomme un commissaire du Gouvernement pour exercer en son nom un contrôle sur l'ensemble de la gestion du fonds. Le commissaire du Gouvernement peut assister à toutes les réunions du conseil d'administration. Il peut se faire présenter tous les livres et documents comptables.

Les décisions prises par le conseil d'administration ou par les autorités auxquelles il accorde délégation sont exécutoires dans un délai de quinze jours à dater de la décision si le commissaire du Gouvernement ne signifie pas, soit qu'il approuve immédiatement, soit qu'il s'oppose à la décision. Toutefois, le délai ci-dessus est ramené à cinq jours en ce qui concerne les décisions ne comportant pas un engagement financier pour le fonds.