Les ressources de l'agence sont constituées par une subvention annuelle de l'Etat, au titre du fonds pour l'emploi mentionné à l'article L. 325-9 et par les contributions de l'Etat au titre des emplois mentionnés à l'article L. 325-6.

Le conseil général de Mayotte, les communes et leurs établissements publics peuvent apporter leur contribution au développement de l'agence et de ses activités.

Un décret en conseil d'Etat fixe les conditions d'application des articles L. 325-3 à L. 325-8, et notamment les règles relatives à l'organisation, au fonctionnement, au régime administratif, financier et comptable de l'agence.