Lors de l'installation de la commission par le préfet, et après chaque renouvellement général des conseils municipaux, les membres de la commission désignent au scrutin secret et à la majorité absolue un rapporteur général et deux assesseurs parmi les membres de la commission élus par les représentants des maires. Si, après deux tours de scrutin, aucun candidat n'a obtenu la majorité absolue, il est procédé à un troisième tour et l'élection a lieu à la majorité relative.

Les membres de la commission départementale de coopération intercommunale approuvent dans les deux mois suivant son installation un règlement intérieur définissant les règles de fonctionnement de la commission.