L'agent comptable est placé sous l'autorité administrative du directeur. Il est chargé, sous sa propre responsabilité, de l'ensemble des opérations financières et comptables de l'établissement. Sa gestion est garantie par un cautionnement dont le montant minimum est fixé dans les limites déterminées par un arrêté du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale.

Conformément aux dispositions de l'article R. 114-6-1, l'agent comptable établit les comptes annuels.

En cas de vacance d'emploi, d'absence momentanée ou d'empêchement de l'agent comptable, ses fonctions sont exercées par le fondé de pouvoir.