Le commissaire du Gouvernement auprès de l'agence est le secrétaire général du ministère chargé de l'environnement ou son représentant.

Il peut à tout moment se faire communiquer tous documents, pièces ou archives et procéder ou faire procéder à toutes vérifications. Il fait connaître l'avis du Gouvernement sur les problèmes évoqués.

Il peut assister ou se faire représenter par un fonctionnaire placé sous son autorité aux séances du conseil scientifique, de la commission des marchés et des commissions nationales des aides.